Lucy è una Diclonius, un essere umano modificato geneticamente, dotato di corna e di misteriosi poteri, ma sopratutto ostili al genere umano. Rinchiusi in laboratori, per esseri studiati, i Diclonius vengono sottoposti ai più crudeli degli esperimenti.
La ragazza, però fortunosamente riesce a fuggire, uccidendo tutte le guardie che le si pongono davanti. Ma ormai in prossimità del mare a causa di un colpo alla testa, perde conoscenza e la sua indole omicida.
Successivamente viene ritrovata sulla spiaggia in completo stato di amnesia da due ragazzi, Kouta e Yuka. I due non potendo lasciare sola una ragazza incapace persino di parlare, la portano nella loro casa, dandole il nome di Nyuu, l'unica parola che la ragazza pare conoscere.
Intanto la società a capo degli esperimenti, inizia a dare la caccia alla fuggitiva, mentre Kouta e Yuka, ignari di ciò che nasconde il passato della ragazza, si prendono cura della misteriosa Nyuu.....
Mi fermo qui altrimenti vado in spoiler^^
Casomai,se volete qualche esempio di cos'è Elfen lied...